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深度学习在神经影像中的应用

书籍:
周志华《机器学习》(机器学习西瓜书)
链接:https://pan.baidu.com/s/1HSwX_TklnWkbwrUVWvjXDQ
提取码:y4j2
《机器学习》南瓜书,包含西瓜书里面的公式推导。
链接:https://pan.baidu.com/s/1IGXAprF9xVyUrs0QwmK4GQ
提取码:e60i
GoodFellow《DeepLearning》
链接:https://pan.baidu.com/s/1KCZpUY7-TCuu9REdE-zhlw
提取码:aukp
《神经网络与深度学习》
链接:https://pan.baidu.com/s/1IhbXmGaU9LXjvrfL2dYddA
提取码:kktq
《深度神经网络模型分析在实践中的应用》
链接:https://pan.baidu.com/s/1iErI3oqSHLm2lZinj9EmHg
提取码:xesd
《深度学习基础教程》
链接:https://pan.baidu.com/s/1EzQ53WoazBdoedKQ-edtTw
提取码:7i0j

网站:
《动手学深度学习》
优点:网站分章节讲述,提供源代码。
http://zh.gluon.ai/index.html

Nilearn:
一个基于python的神经影像处理包,里面包含很多提供统计分析和机器学习工具。
https://nilearn.github.io/stable/auto_examples/index.html

谷歌Colaboratory:
Nilearn需要python环境,没有安装python的话,可以用谷歌云端硬盘提供的在线python编辑器跑程序,比较方便。
https://colab.research.google.com/drive/

Papers with Code
检索网站,可以根据关键词搜索到包含代码的论文。
https://paperswithcode.com/search?q_meta=&q_type=&q=medical+imaging

Distill:
一个讲解机器学习论文的平台。
https://distill.pub/

一些github上的项目:
人工智能开源项目,数据分析+机器学习实战:
https://github.com/apachecn/AiLearning
计算机视觉/深度学习/机器学习相关方向的论文:
https://github.com/amusi/daily-paper-computer-vision
机器学习资源合集:
https://github.com/jobbole/awesome-machine-learning-cn
深度学习论文阅读路线图:
https://github.com/floodsung/Deep-Learning-Papers-Reading-Roadmap

视频教程:
吴恩达机器学习课程:
从基础讲起。
https://www.bilibili.com/video/BV164411b7dx/
配套笔记:https://github.com/fengdu78/Coursera-ML-AndrewNg-Notes
李宏毅机器学习课程:
深度学习讲的多一些。
https://www.bilibili.com/video/BV1Wv411h7kN/
配套笔记: https://github.com/Fafa-DL/Lhy_Machine_Learning
李飞飞计算机视觉公开课:
主要是图像处理方面。
http://cs231n.stanford.edu/

Python学习:
深度学习很多是基于python的库或者模块运行的,下面是一些python教程:
廖雪峰python教程
链接: https://www.liaoxuefeng.com/wiki/1016959663602400
廖雪峰是一位python工程师,前面几章讲python安装很详细,里面包含不少demo.
莫烦Python
链接: https://mofanpy.com/tutorials/python-basic/
b站上面还有他的机器学习视频,每集3分钟左右,方便快捷.
python在线手册
链接:http://docs.pythontab.com
相当于一个manual,也就是说明书,平时可以不用看,有用到的时候再去里面查找.
菜鸟教程
链接: http://www.runoob.com/python/python-tutorial.html
里面各种语言教程和用法都有,是一个合集网站.

公开数据集:
HCP:
人脑连接组项目,结构和功能像数据,1000多例。
地址:http://www.humanconnectomeproject.org/

OpenNEURO:
有MRI和PET数据,557例。
地址:www.openneuro.org

OpenfMRI:
包含95例fMRI数据。
地址:www.openfmri.org

ADHD儿童影像数据:
fMRI和ASL数据,68例。
地址:http://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/retro/CUNMET.html

疼痛数据:
慢性腰痛患者的fMRI数据,34例。
地址:https://openpain.org/index.html

深度学习比赛论坛:
用途:在上面注册以后就可以下载到里面提供的用于参赛的公开数据集。
Kaggle
https://www.kaggle.com/
天池
https://tianchi.aliyun.com/
FlyAI
https://www.flyai.com/

论文:
机器学习在医学影像的应用主要可以分为几个方面:
(1)分类
1.《DeepLung: Deep 3D Dual Path Nets for Automated Pulmonary Nodule Detection and Classification》2018
采用深度学习的方法进行结节检测和分类,结节检测确定病灶位置,再分类成良性或者恶性。
论文地址:https://arxiv.org/abs/1801.09555
2.《Deep multi-instance networks with sparse label assignment for whole mammogram classification》-2017年
论文地址:https://arxiv.org/abs/1703.03020
基于深度学习的医学影像乳腺癌分类。
3.《Spectral Graph Convolutions for Population-based Disease Prediction》-2017年
利用影像进行疾病预测,利用图神经网络,预测MCI向AD的转换。
论文地址:https://arxiv.org/abs/1702.05941
4.《Dermatologist-level classification of skin cancer with deep neural networks》-2017年
皮肤癌影像分类,区分细胞癌与良性角化病,以及区分恶性黑素瘤与良性痣。
论文地址:https://www.nature.com/articles/nature21056
5.《SurvivalNet: Predicting patient survival from diffusion weighted magnetic resonance images using cascaded fully convolutional and 3D convolutional neural networks》-2017年
利用医学影像评估肝细胞癌的恶性程度。
论文地址:https://arxiv.org/abs/1702.05941

(2)分割
1.《U-net: Convolutional networks for biomedical image segmentation》-2015年
利用U-Net分割模型对神经元结构进行分割。
论文地址:https://arxiv.org/abs/1505.04597
2.《Efficient multi-scale 3D CNN with fully connected CRF for accurate brain lesion segmentation》-2016年
利用三维卷积神经网络分割脑病灶。
论文地址:https://arxiv.org/abs/1603.05959
3.《Automatic Liver and Lesion Segmentation in CT Using Cascaded Fully Convolutional Neural Networks and 3D Conditional Random Fields》-2016年
利用CT成像分割肝脏及病变部位。
4.《Deep Learning for Brain MRI Segmentation:State of Art and Future Directions》-2017年
利用深度学习分割脑解剖结构以及脑损伤病灶。
论文地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28577131
5.《Adversarial Deep Structured Nets for Mass Segmentation from Mammograms》-2018年
利用深度学习分割乳腺。
论文地址:https://arxiv.org/abs/1710.09288
6.《Unsupervised domain adaptation in brain lesion segmentation with adversarial networks》-2017年
利用无监督机器学习的方法来分割脑损伤病灶。
论文地址:https://arxiv.org/abs/1612.08894

其他资源:
零基础入门影像组学与人工智能
链接:https://pan.baidu.com/s/1XA0NjB-PAD1sZGJPX9Jg8w
提取码:30p8
U-Net分割实战:
链接:https://pan.baidu.com/s/1yKNj1rrFqWVeRGzUcofa8g
提取码:hhvo
深度学习论文阅读路线
链接:https://pan.baidu.com/s/1EiaPt3UYwe_DqpRCOeL7Mg
提取码:jwf4
深度学习在生物医学影像分析的应用
链接:https://pan.baidu.com/s/1txbsRaievMnIxTP3binqOg
提取码:9srt

http://www.zskr.cn/news/76594.html

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