非模式生物基因富集分析——小麦富集分析

非模式生物基因富集分析——小麦富集分析

TriticeaeGeneTribe - A homology database for Triticeae tribe (wheat, durum wheat, barley, and their relatives)

1、模式生物与非模式生物

 

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 小麦属于作物模式生物

 

2、富集分析

对于非常规生物的富集分析,有些R包没有该物种的GO注释包,需要自己提供GO注释信息。对于常规利用R包进行富集分析的物种,背景基因集就是提供的注释信息,而对于我们非常规生物进行富集分析,背景基因集就是我们找的GO注释文件

GO注释文件需要整理为:

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3、相关数据库

IWGSC是专门研究目标是 专注于小麦(Triticum aestivum)本身的基因组,而不是其亲缘种。

JGI / Phytozome覆盖面更广

 

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