前记 玉米是一种具有典型杂种优势的粮食作物，得益于这一特点，玉米在生产中广泛采用的是杂交种，全球大约有~75%的玉米播种使用的是杂交种。在玉米杂种优势机理研究中，杂交种的基因型判断是一个重要事情，了解杂交种的基因型可以帮助我们去直接鉴定杂交种中跟优异性状相关的遗传位点，具有十分的必要性。 本文将完整记录如何从亲本VCF文件出发，利用bcftools和awk等工具，高效推断出玉米杂交种的基因型，并完成质控过滤的全流程。这套方案同样适用于水稻等其他自交系作物。一、为什么要推断杂交种基因型？ 对数百甚至上千个杂交种逐一进行全基因组重测序，成本极高。而亲本材料（自交系）通常已经完成了高深度重测序，基因型数据完备。如果亲本足够纯合，杂交种的基因型就可以直接从亲本基因型推导出来。 杂交种基因型的遗传学原理：玉米自交系经过多代自交，基因组高度纯合，几乎每个位点的基因型都是0/0或1/1（纯合）。当两个纯合亲本杂交时，F1杂交种在每个位点的基因型遵循简单的孟德尔规律，如下所示：