Giotto空转学习手册-Giotto常用分析流程B站(已更十五集)https://www.bilibili.com/video/BV181wezqEgK/小红书http://xhslink.com/o/39Scgv66i0G抖音https://v.douyin.com/GJGmDLUluig/Giotto分析实战常用分析流程我们介绍了空转分析R语言神器Giotto以及在空转R语言分析神器| Giotto安装与Giotto对象的理解中详细了解了Giotto的安装流程、对象结构、数据的保存与读取方法、与其他常见空间组学数据格式的相互转换接下来我们正式进入Giotto实战操作环节。不同空间组学的处理流程可能有所不同官网给大家提供了多种常见的空转平台分析流程。这里我们聚焦Giotto的通用基本功能演示细胞/spot过滤、归一化、标准化、细胞注释、解卷积、空间基因检测、配体-受体分析等操作这些几乎是所有空转项目都会用到的基础分析。空间转录组保姆级视频教程1、课程简介继《手把手教你做单细胞》之后我们正式推出第二个系列《空间转录组保姆级教程》本系列视频将为大家提供空间转录组测序数据分析的完备方案本次内容基于Seurat进行空转数据分析基础操作的演示最大限度的让我们学习R语言单细胞的用户能够快速的迁移学习空转分析。课程内容将持续更新(现Giotto的教程已制作啦~)。视频可在全平台观看B站(已更十五集)https://www.bilibili.com/video/BV181wezqEgK/小红书http://xhslink.com/o/39Scgv66i0G抖音https://v.douyin.com/GJGmDLUluig/2、空间转录组介绍空间转录组Spatial Transcriptomics, ST是在保留组织原位空间位置的前提下同时获取全基因组基因表达信息的技术解决了传统 bulk 测序丢失异质性、单细胞测序丢失空间位置的痛点还具有解析组织微环境中细胞互作机制离的核心优势。这一技术出现为高通量测序加上了空间的坐标信息这是一场新的革命为神经科学、发育学、植物学、病理学等领域提供了强有力的研究手段。我们在2023订阅、2024龙年订阅、2025订阅、2026订阅也更新不少关于空转的内容现除了提供资料还手把手教大家学会空间转录组。资料课表学习资料图片集锦本次课程的学习资料可以联系客Biomamba_zhushou领取空间转录组保姆级教程-Giotto空转学习手册内容1. Giotto一个多模态且不限技术平台的空间多组学分析生态系统1.1 Giotto核心框架1.2 多尺度与扩展框架1.3 配准与分割1.4 多模态数据分析1.5 可扩展性与切片1.6 交互性与可操作性1.7 小结2. Giotto安装与Giotto对象2.1 安装2.2 Giotto的对象格式2.3 保存与读取2.4 格式转换大全2.4.1 SpatialExperiment2.4.2 Seurat3. 常用分析与流程3.1 Giotto实例对象3.2 预处理3.3 降维3.4 分群聚类4. Visium实战4.1 加载环境4.2 载入数据并创建Giotto对象4.3 预处理4.4 查看切片4.5 降维4.6 聚类4.7 细胞特异性marker4.8 细胞类型富集程度4.9 空间网格4.10 空间邻接网络4.11 空间基因4.12 HMRF空间域分析5. 空间转录组多样本分析操作5.1Giotto对象的连接与分裂5.2 样本对齐5.3 交互式对齐5.4 多样本拼片处理5.5 去批次6. 细胞注释(去卷积基因集评分)6.1 去卷积6.2 基因集富集分析学习手册下载链接本推送教程、测试文件下载链接https://pan.baidu.com/s/16llhgVqY9yFH40u7q8-6VQ提取码请联系客服
R语言空转分析神器——Giotto的常用分析流程
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